package br.uesc.newigrafu.dominio.raf;

public class DiGrafu extends Programa {

    String metodo = "distancia";
    // Primeira abordagem para os parâmetros: Strings
    // Parametros o DiGrafu
    // INPUT - arquivo de entrada
    String input = null; // todo programa tem
    // OUTPUT - arquivo de saída
    String output = null; // todo programa tem
    // TYPE - tipo (dna, proteína)
    String tipo = null; // todo programa tem
    // MODEL - modelo de substituição
    String model = null;
    // PREFERENCE - preferência de execução (a, t, at)
    String preference = null;
    // CV - coeficiente de variação
    String cv = null;
    // ISITE - taxa de sítios invariantes
    String isite = null;
    // RATIO - taxa de transição/transversão
    String ratio = null;
    // WEIGHT - pesos para sítios
    String weight = null;
    // CATEGORIES - categorias
    String categories = null;
    // FREQUE - frequências
    String freque = null;

    DiGrafu(String _input, String _output) {
        setParamInput(_input);
        setParamOutput(_output);
        System.out.println("DiGrafu criado!");
    }

    public void setParametros() {
    }

    public String getParamInput() {
        return input;
    }

    public void setParamInput(String valor) {
        input = "INPUT " + valor;
    }

    public String getParamOutput() {
        return output;
    }

    public void setParamOutput(String valor) {
        output = "OUTPUT " + valor;
    }

    public String getMetodo() {
        return metodo;
    }

    @Override
    int executar() {
        // Runtime rt = Runtime.getRuntime();
        throw new UnsupportedOperationException("Not supported yet.");
    }
}
